JPFの南スーダン難民緊急支援プログラムでは、南スーダン国内だけでなく、ウガンダ、エチオピア、ケニア、スーダンに逃れた南スーダン難民への支援活動を実施しています。新型コロナウイルス感染拡大以降、感染症の影響によって深刻化した人道危機への対応や感染予防の促進などに尽力しています。

例えば、加盟NGOのセーブ・ザ・チルドレン・ジャパン（SCJ）は、ウガンダにおいて、コロナの感染拡大の影響を受けた南スーダン難民の子どもを対象とした保護事業を実施しています。